Der vom Bildhauer Georg Schröter in Torgau 1562 gefertigte große Marmoraltar wurde im Zuge des Umbaus der Schloßkirche in das Schweriner Museum gebracht und hat dort einen würdigen Platz. In den gotischen Chorraum passte er nicht mehr hinein. Der neue Altar hat einen schlichten neugotischen Aufbau - bewusst schlicht, damit er die farbigen Glasfenster mit Gestalten aus dem Alten und dem Neuen Testament nicht verdeckt. Wie die Heiligenfiguren auf mittelalterlichen Altären sollen die Glasfenster mit den biblischen Gestalten Altarfunktion haben.
Dennoch finden sich an dem Altaraufbau zwei biblische Figuren: Rechts der Apostel Petrus, erkennbar am großen Schlüssel, der an das Wort Jesu erinnert (Matthäus 16, 19): "Ich will dir die Schlüssel des Himmelreichs geben." Links der Apostel Paulus, erkennbar am großen Schwert, weil er nach der Überlieferung in Rom enthauptet wurde. Diese beiden wurden ausgewählt, weil sie die Säulen sind, auf deren Zeugnis sich die Kirche gründet: Der Jünger Simon mit dem Zunamen Petrus, der Felsen, weil er nach 1. Korinther 15, 3-5 der Erste war, dem nach der Katastrophe am Freitag in einer Vision der Gekreuzigte als der Lebendige zu schauen gegeben wurde sowie Paulus, der Theologe und Verfolger der Jesusanhänger, weil er nach einer Vision des lebendigen Jesus seine Botschaft aus der Enge Palästinas in die Weite der Welt getragen hat.
Der Marmorkruzifix ist ein Werk des Bildhauers Steinhäuser.